睡眠呼吸中止症的患者確實會在睡眠中反覆「醒來」，只是多數情況下，這些醒來並非完全清醒，而是大腦短暫進入「微覺醒」狀態，患者本人往往沒有明確記憶。當呼吸在睡眠中暫停或明顯變淺時，血液中的氧氣濃度會下降，大腦為了自我保護，會發出警訊，促使身體短暫甦醒、重新啟動呼吸道肌肉，使呼吸恢復正常。這種反覆發生的微覺醒，可能一晚出現數十次甚至上百次。
雖然患者不一定記得自己有醒來，但這些微覺醒會嚴重破壞睡眠結構，使深層睡眠與快速動眼期（REM睡眠）的時間大幅縮短，導致睡眠品質明顯下降。因此，許多睡眠呼吸中止症患者即使睡眠時間充足，白天仍會感到疲倦、嗜睡、注意力不集中，甚至影響工作表現與行車安全。
部分患者在呼吸暫停結束時，可能會出現較明顯的醒來反應，例如突然喘氣、用力吸氣、翻身，或伴隨心悸、胸口不適、夜間頻繁醒來、夜尿增加等情形。若症狀較嚴重，患者或其枕邊人也可能注意到夜間打鼾中斷後突然大聲吸氣的現象。
睡眠呼吸中止症會讓患者在睡眠中反覆被「叫醒」，即使沒有清楚的醒來記憶，仍會對身體造成長期負擔。若長期有嚴重打鼾、白天嗜睡或夜間反覆醒來的情況，建議及早就醫評估，以免增加心血管疾病與代謝異常的風險。
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